Removendo plugins
Você pode deixar o Vundle deletar os plugins que não são utilizados com:
:PluginClean
Ele irá pedir permissão a cada opção de delete.
Caso queira deixar tudo nas mãos do Vundle basta rodar:
:PluginClean!
Listando os plugins instalados
Basta rodar:
:PluginList